עקרון העבודה של מפריד מיוחד מבוסס בעיקר על כוח צנטריפוגלי וההבדלים בתכונות הפיזיקליות של החומרים כדי להשיג הפרדת נוזלים-מוצקים או נוזליים-. ניתן לחלק את תהליך הליבה לשלושה שלבים:
ראשית, החומרים שיש להפריד נכנסים לתא המסתובב של המפריד דרך כניסת ההזנה.
שנית, הכוח הצנטריפוגלי שנוצר על ידי סיבוב-במהירות גבוהה גורם לחלקיקים מוצקים צפופים יותר להתמקם בקצה החדר, בעוד נוזלים פחות צפופים נפלטים דרך המסך או יציאת הגלישה.
לבסוף, המוצקים והנוזלים של המפריד המיוחד מופקים דרך יציאות פריקה שונות, ומשלימים את תהליך ההפרדה.