בעת בחירת צנטריפוגה אוטומטית לחלוטין, יש לקחת בחשבון את הגורמים הבאים:
מהירות סיבוב וכוח צנטריפוגלי: דגימות שונות דורשות מהירויות סיבוב שונות; הבחירה צריכה להתבסס על צרכים בפועל.
קיבולת: קיבולת התוף קובעת את כמות הדגימה המעובדת בכל מחזור; יישומים תעשייתיים דורשים בדרך כלל קיבולות גדולות יותר.
חומר: חומרים עמידים בפני קורוזיה-(כגון נירוסטה) מתאימים לעיבוד ריאגנטים כימיים או דגימות קורוזיביות.
תחזוקה וניקיון: עיצוב פשוט מקל על תחזוקה וניקיון יומיומית.