ניתן לסווג צנטריפוגות אוטומטיות לחלוטין למספר סוגים בהתבסס על היישום והעיצוב שלהן, כולל:
צנטריפוגות תעשייתיות: משמשות בתעשיות כמו כימיקלים, מזון והגנה על הסביבה, ליישומים כגון פיזור בוצה בטיפול בשפכים ובירור מיצים.
צנטריפוגות מעבדה: משמשות במחקר מדעי ובבדיקות רפואיות, ליישומים כגון הפרדת דם ותרבות תאים.
צנטריפוגות משטחים: קטנות יותר בגודלן, מתאימות למעבדות קטנות או לשימוש בהוראה.
לכל סוג של צנטריפוגה יש מיקוד עיצובי שונה. צנטריפוגות תעשייתיות בדרך כלל נותנות עדיפות לתפוקה ועמידות, בעוד שצנטריפוגות מעבדה מדגישות דיוק והתאמה.