כדי להאריך את תוחלת החיים של הצנטריפוגה האוטומטית המלאה ולהבטיח יעילות הפרדה, נדרשת תחזוקה שוטפת:
נקה את התוף: נקה שאריות לאחר כל שימוש כדי למנוע קורוזיה או זיהום.
בדוק את האטמים: ודא אטימה טובה כדי למנוע דליפת נוזלים.
שימון המסבים: הוסף שמן סיכה באופן קבוע כדי להפחית את הבלאי.
כייל את המהירות: סטיות מהירות עשויות להתרחש לאחר שימוש-לטווח ארוך; יש צורך בכיול קבוע.